百年戦争終結の直前、レッドショルダー隊員として「不適格」の烙印を押された四人の兵士、キリコ、グレゴルー、バイマン、ムーザは、ペールゼンの手によってそれぞれ激戦地へと送られていた。 　そして数か月……戦後に流れ着いたウドから脱出したキリコは、グレゴルーの誘いに応えてバカラ・シティを訪れた。そこで三人と再会したキリコは、ペールゼンを倒すというグレゴルーたちに同行することにする。だが、復讐を目論む三人とは異なり、キリコの目的はペールゼンとつながっているであろう秘密結社にあった。そこにフィアナがいるかもしれない、そんな期待を胸に、キリコはペールゼンと秘密結社がアジトとするデライダ高地へ向かう。 　その頃、デライダ高地地下の秘密結社アジトでは、パーフェクトソルジャー第二号、イプシロンが誕生していた。そこではイプシロンをより完成度の高いPSとするための教育が行われている。その教育係となっていたのは、フィアナだ。産まれたばかりの純粋無垢なイプシロン。だが、その心にも激しい攻撃衝動が植え付けられていることに、フィアナは深い悲しみを覚える。自分たち戦闘機械に、なぜ人の心が必要なのか？　フィアナは思い悩む。しかし、ペールゼンが求めるのは、戦闘機械ではなく、完璧なる兵士であった。その野望が、かつてはペールゼンの理想をになっていたキリコと、イプシロンを対決させる運命にあることを、フィアナは知る。 　やがて、デライダ高地に到着したキリコたちはそれぞれの想いを胸に、アジトへの襲撃を開始する。そこで彼らを迎撃したのは、肩を赤く染めた黒いAT部隊であった。ペールゼンは、解散させられたレッドショルダーの残党を、アジトに集結させていたのである。 　次々とレッドショルダーを倒しながら奥へと進む一行の前に、異常な反応速度を見せるATが戦いを挑んできた。グレゴルーの制止を聞かずにムーザは戦いを挑むが、逆に返り討ちにあってしまう。そのATにフィアナが搭乗していると確信するキリコ。だが、キリコの呼びかけに応じることはなく、ATは執拗な攻撃を繰り返す。そんなキリコの窮地を救おうとしたグレゴルーも、苛烈な反撃に殺されてしまった。機体を破壊され、放り出されるキリコ。そこへペールゼンが現われ、ATのパイロットに気絶しているキリコと直接戦うことを命じる。そのATから現われたのは、イプシロンであった。キリコに止めを刺そうとするイプシロンを、駆けつけたフィアナが制止する。イプシロンに「愛」を教えるため、そしてキリコを救うため、フィアナはイプシロンに口づけをする。意識を取り戻したキリコは倒れ伏したまま、その光景を目撃した。 　その時、突然の銃撃によってペールゼンが倒れた。途中で別行動をとっていたバイマンである。しかしその直後、満身創痍のバイマンもまた力尽き、死亡した。 　やがて、アジトは崩壊を始める。ボローの促すままにイプシロンと脱出するフィアナ。必死に追ったキリコの前で、フィアナたちを乗せたヘリが離脱していく。アジトが大爆発を起こす中、キリコはたったひとりでいずこかへ歩み去っていくのであった……。 　そして内乱のクメンでは、ココナたちがキリコを待ち続けていた。