惑星クエント消滅後、キリコたちは戦いを避けるように放浪を繰り返し、ニュートラルシティのア・コバへ流れ着いていた。そこでバトリングを見物中に、ゴウトは昔馴染であるマッチメーカーのチェロキーと再会する。バララント軍と通じていたチェロキーはキリコに目をつけ、ゴウトにビッグバトルの話を持ちかけた。地上戦艦対ATというあまりの内容に渋るゴウトであったが、高額なファイトマネーに心が揺れる。 　その頃、フィアナはヂヂリウムの禁断症状から危険な状態に陥っていた。バニラの情報をもとに、ヂヂリウムを強奪しに行くキリコとシャッコ。その後を追うゴウトたち。しかし、ゴウトたちは怪しげな一団に捕らえられてしまった。キリコたちは苦労しながらも潜入に成功するが待ち伏せに合い、捕まってしまう。ゴウトたちの情報から、キリコを捕らえたのは、ギルガメス軍であった。キリコの前に、技術将校であるカルマン・トムスが現れる。パーフェクトソルジャーの開発に携わっていたトムスは、フィアナを捜していたのだ。フィアナを普通の人間に戻すことは可能なのか…と尋ねるキリコに、自分なら不可能ではないと答えるトムス。だが、突如乱入してきたバララント軍のPSニーバによって、トムスは連れ去られてしまった。 　ニーバが暴れたことにより、キリコたちはギルガメス軍のもとから脱出することができた。しかし、その間にフィアナが何者かに連れ去られてしまっていた。それは、バトリングを渋るキリコに、戦いを強いるチェロキーの仕業であった。怒るゴウト。しかし、キリコはフィアナを取り戻すため、冷静にバトリングの準備を始めた。チェロキーの挑発にも激することなく、キリコはATの肩を赤く染め上げる。 　その頃、バララント軍がPS開発実験の拠点としていた地上戦艦には、ロッチナからの帰還命令が届いていた。トムスとフィアナの身柄を、優先的に確保しようというのだ。だが、その命令を不満に思うニーバは指揮官のジェルを殺害、地上戦艦を占拠してしまう。かつて、レッドショルダーに瀕死の重傷を負わされたニーバは、元レッドショルダーであるキリコを生かしておくことは出来なかったのである。 　やがて、地上戦艦対AT、世紀のビッグバトルが始まった。ニーバの地上戦艦に対して攻撃を仕掛けるキリコたち。なんとか地上戦艦の中に潜り込んだキリコであったが、作業用ATが迎撃してきた。ニーバによる遠隔操作に操られた作業用ATのコクピットには、フィアナがいた。自らの意思に反して、キリコを攻撃させられるフィアナ。だが、ニーバの裏をかいてATを破壊したキリコはフィアナを無事に救出、ニーバとの対決に臨む。そして、シャッコとの連携でニーバを倒したキリコたちは、地上戦艦から脱出した。 　しかし、戦闘の影響で軌道を外れた地上戦艦はア・コバの街に突っ込み、街を全壊させてしまう。壊れた街を眺めながらレッドショルダーであった過去と決別したキリコは、仲間のもとへと帰って行くのであった。